In Kooperation mit der Stadt Emden kümmert sich das Ökowerk um verschiedene naturnahe Flächen im Stadtbereich. Dazu gehören zum Beispiel die Streuobstwiese in Constantia und die Streuobstwiese in Uphusen. Dort führt das Ökowerk die Winterschnitte der Obstbäume und in Uphusen auch die Mahd durch.

Das Ökowerk hat bei der Planung und Anlage des Stadtwaldes mitgewirkt. Unter anderem wurden Wege, die künstlerisch gestalteten Informationsmöglichkeiten und Sitzbänke sowie kleine Spiel- und Erlebnisbereiche geschaffen. Die Stadt Emden hat dem Ökowerk außerdem dauerhaft diverse Pflege- und Instandhaltungsmaßnahmen im Stadtwald übertragen, dazu gehört auch die Beseitigung von Müll und Gefahrenstellen.

Im Petkumer Deichvorland trägt das Ökowerk dafür Sorge, dass den Naturschutzanforderungen nachgekommen wird. Dazu gehört es, die Wege entlang des Deiches je nach den Brutschutzzeiten zu öffnen bzw. zu schließen, die Ausschilderung in Stand zu halten und ggf. auch Müll einzusammeln.