Wenn durch ein Bauvorhaben oder eine Infrastrukturmaßnahme in die Natur eingegriffen wird, sieht das Bundesnaturschutzgesetz die Verpflichtung für den Bauherrn vor, diesen Eingriff zu kompensieren, also auszugleichen. Die Fläche, die bebaut wird, wird ökologisch bewertet und der Verlust für die Natur anhand eines Punktesystems berechnet. Je höherwertige die Fläche für den Naturhaushalt zu bewerten ist, umso mehr muss der Bauherr den Eingriff ausgleichen. Praktisch geschieht das dadurch, dass in größtmöglicher Nähe zum Bauvorhaben eine Ausgleichsfläche ökologisch aufgewertet wird.

Das Ökowerk betreut im Gebiet der Stadt Emden insgesamt ca. 100 Hektar von sogenannten „Kompensationsflächen“, also Flächen, die zum Ausgleich für einen baulichen Eingriff in die Natur aufgewertet werden müssen. Die vom Ökowerk betreuten Flächen liegen u. a. in den Stadtteilen Marienwehr, Petkum und Twixlum.

Auf dem überwiegenden Teil der vom Ökowerk betreuten Flächen ist das naturschutzfachliche Ziel, den Lebensraum für Wiesenvögel wiederherzustellen oder zu verbessern. Das geschieht durch eine extensive Landbewirtschaftung, d. h. durch das vollständige Einstellen einer Düngung der Fläche und durch die Ansaat von mesophilem Grünland. Dieser Grünlandtyp stellt eine geeignete Grundlage für die Ansiedelung von Wiesenvögeln dar, da im mesophilen Grünland viele blütenreiche Pflanzen wachsen, die Insekten anziehen. Insekten bilden dann das Nahrungsangebot für Wiesenvögel. Außerdem werden die Flächen nur zweimal im Jahr gemäht. Das ermöglicht den Wiesenvögeln besser als auf intensiv genutzten landwirtschaftlichen Flächen, auf dem Boden zu nisten.

An anderen Orten werden Eingriffe in die Natur zum Beispiel durch die Anpflanzung von Bäumen, insbesondere von Streuobst, ausgeglichen. Eine der vom Ökowerk betreuten Streuobstwiesen liegt zum Beispiel in Petkum.